Alhoewel Tsjechië geen zee heeft, vind je in het land tal van meren en rivieren waar je waterpret kunt beleven. Of je nu houdt van zwemmen, varen, windsurfen of vissen, de Tsjechische meren en rivieren zijn er geschikt voor.
De bekendste rivier in Tsjechië is de Moldau. Deze rivier heeft haar bron in het zuiden van Tsjechië en stroomt via Praag naar de rivier de Elbe. De Moldau en ook de Elbe zijn populaire rivieren om te kanoën en varen. Kleine riviercruises varen er regelmatig en op sommige plekken kun je ook waterfietsen en kanoën. Een kanovakantie van meerdere dagen is in Tsjechië heel normaal. Je overnacht op campings langs het water en gaat de volgende dag weer verder. Meerdaagse kanotochten kan je bijvoorbeeld ook doen op de Sázava en Berounka rivier in Bohemen.
Het Lipnomeer is het grootste meer van Tsjechië. Het is een heerlijke plek om af te koelen en je kunt er allerlei watersporten beoefenen, zoals suppen en windsurfen. Andere schitterende meren in Tsjechië zijn het Machovo meer, Nové Mlýny meer onder Brno en het Hlučín meer bij Ostrava. Visliefhebbers komen ook aan hun trekken. Met een visvergunning, vaak te koop bij de lokale VVV of bij een hengelsportbedrijf, kun je forellen, karpers en andere vissen vangen in de rivieren Otava, Jizera en Orlice.